Prototype 2 teve divulgado um novo vídeo de desenvolvimento. Nele, é discutido o cenário do jogo, NY Zero, a Nova York dividida em três seções - a militarizada, a infectada e a intocada, cada uma visualmente diferente e com desafios próprios. Veja abaixo:
Na trama, o Sargento James Heller volta da guerra apenas para encontrar Nova York devastada por um vírus mutante - e sua família morta. Ele sai então matando mutantes, até que se depara com Alex Mercer. Infectado, Heller ganha os mesmos poderes de Alex - e vai usá-los para se vingar.
O game sai pela Activision em 2012 para PC, PS3, e Xbox 360